La plus ancienne carte mentionnant les Glénan remonte à 1313 dans l'atlas maritime de Pierre Vesconte où l'archipel figure sous le nom de Grana. En 1466 elles sont nommées Glaram et en 1585 elles deviennent Glénan.
La principale ile, Saint Nicolas, tire son nom d'un prieuré qui y fut construit au moyen-âge.
L'archipel a appartenu à l'Abbaye de Rhuis du moyen-âge jusqu'à la révolution française. De tout temps la masse d'îles et de cailloux a été une zone de flibuste ou de défense de la côte par sa position stratégique.
Les pêcheurs qui vivaient sur les iles s'accommodaient tant bien que mal de ces visiteurs ponctuels (forbans, corsaires anglais, etc...)
En 1755, débute la construction du fort sur l'ile Cigogne, dont le positionnement est parfait.
Voilà une description des îles en 1772 par le Commandant De La Rosière, tellement bien faite qu'elle mérite d'être citée in extenso : « On appelle les Glénan, douze petites îles entremêlées et environnées d'une quantité de rochers dessus et dessous l'eau, qui sont à trois petites lieues au sud sud-est de la pointe de Mousterlin, dont l'étendue de l’est à l'ouest est de deux lieues et du sud au nord d'une lieue.
Quatre de ces îles : Saint-Nicolas, Drenec, Cigogne et Bananec, forment un port appelé La Chambre, assez étendu pour contenir 30 navires et où le mouillage est excellent par deux brasses au plus. il y a une passe à l’est et une à l’ouest, qui en facilitent la sortie à tous vents, et les bâtiments y sont d’autant mieux placés qu’ils ne sauraient être aperçus que lorsque l’on n’est plus à portée de les éviter. Il est défendu par un fort construit sur l'ile Cigogne qui répand son feu à l’est au nord et à l'ouest, mais qui est encore imparfait, et sur lequel il n’y a que deux pièces de canon.
Il y a sur l'île Saint-Nicolas, qui couvre le port au sud, quelques bâtiments militaires, une chapelle et deux batteries, ensemble de six canons, pour la défense de deux petites anses de sable qu'elle a, l'une au nord, et l'autre au sud, et qui lui servent de port.
Position géographique : 47°43:01 Nord - 4°00:00 0uest . Caractéristique : Le Paradis sur terre !
Les Glénan c’est un archipel de 9 îles principales situé à une dizaine de milles de Concarneau et de Fouesnant, commune à laquelle l'archipel est rattaché.
Pas insulaires jusqu'au néolithique, les îles sont occupées par l'homme depuis toujours comme l'ont prouvées de nombreuses fouilles.
L'île de Penfret, la plus à l'est, est la plus grande et serait susceptible de quelque culture. On peut mouiller à l'est et au nord de celle-ci par 10-12 brasses. Un fortin y serait très bien placé et très utile pour la protection du cabotage et de la pêche. Il y a dans cette île un bon puits d'eau douce.
Celle du Loc'h, ou de l'Etang, la plus au sud et la plus grande après la précédente, a, au sud-ouest, une petite anse appelée Port-Sterval, où il reste à basse mer deux brasses d'eau et dont l'entrée est en partie défendue par le fort Cigogne. Il y a au milieu de cette ile un étang qui sèche quelquefois et un puits d'eau saumâtre. La partie du nord serait assez élevée pour mettre à couvert du feu de l'Isle Cigogne.
Entre les Glénan et la pointe de Mousterlin, est un gros rocher appelé l'lle aux moutons, et au sud sud-est de ce dernier, le banc des Pourceaux qu'on laisse à gauche, lorsqu'on vient des Etocs de Penmarc'h, et qu'on passe en terre des Glénan. « On peut passer entre ce banc et l'Ile aux Moutons, mais il faut beaucoup d'attention pour éviter les rochers ».
Au cours du XIXème siècle, les îles changent de mains plusieurs fois au fil de l'essor de la pêche (construction des viviers de St Nicolas en 1870) et des sècheries de poisson, d'une modeste activité agricole, et même de l'activité plus controversée de la fabrication de soude.
Au XXème siècle, les îles se modèlent comme nous les connaissons aujourd'hui : Acquisition de l'Ile du Loc'h par la famille Bolloré en 1920 et création du « centre nautique des Glénans» par les époux Viannay en 1947 qui se déploie toujours aujourd'hui sur Penfret, Cigogne, Bananec et Drennec. Il faut d'ailleurs noter que la premiere implantation du centre nautique s'est faite sur Le Loch, prêté à l'époque par la Famille Bolloré. Autrefois prêtée, aujourd'hui cloturée, tel est le destin du Loch.
Avec l'essor de la plaisance, des liaisons maritimes, du centre nautique, du Centre international de Plongée, les Glénan sont devenus un terrain de jeu (aujourd'hui seuls deux pêcheurs professionnels y sont basés en saison) connu partout pour la clarté des eaux du lagon qui en font un véritable Tahiti breton.